Afrika penguenlerinin nüfusu son 100 yılda önemli ölçüde azaldı. 20. yüzyılın başlarında, muhtemelen birkaç milyon üreyen çift olduğu düşünülüyor. Bugün ise 11 binden az üreyen çift kaldı ve nüfus keskin bir şekilde düşmeye devam ediyor.
Penguen, Uluslararası Doğayı Koruma Birliği tarafından nesli tükenmekte olan türlerin kırmızı listesinde yer alıyor. 2035 yılına gelindiğinde, mevcut eğilimlere göre, bilim insanları, türün doğada hayatta kalmaya devam etmesi için yeterli üreme çifti olmayacağını söylüyor.
Pasifik'teki aşırı avlanma ve çevresel değişiklikler, sardalye ve hamsi gibi balık popülasyonlarının çökmesine neden olarak penguenleri yemek için mücadele etmeye zorladı. Ayrıca hastalık, fırtına, sel ve kirlilik tehdidi altındadırlar.
Penguenlerin karşılaştığı tehditlere rağmen hayatta kalmaları için umut var. Two Oceans Akvaryum Vakfı'nda stratejik projeler yöneticisi Dr. Judy Mann, "Balıkçılar, Güney Afrika hükümeti, petrol ve nakliye şirketleri, bilim insanları, korumacılar, uluslararası müttefikler ve kamu birlikte çalışırsa, Afrika penguen sayılarının her yıl azalmasını önleyebiliriz" dedi.